前作「ナイキ ペガサス 40」のミッドソールには、反発性と耐久性に優れたナイキ リアクト フォームが採用されていたが、「ナイキ ペガサス 41」のミッドソールに使われているのはナイキ リアクト X フォームだ。
ナイキ リアクト X フォームは、「ナイキ インフィニティ ラン 4(NIKE INFINITY RUN 4)」にも採用されている素材。NSRL(Nike Sports Research Lab)で5年以上の歳月を費やして開発された素材で、従来のナイキ リアクト フォームと比べて、エネルギーリターンが13%向上。ミッドソール製造による炭素排出量は43%削減されている。